※ライガーゼロファルコン以外のゾイドは、ストーリーモードのショップに登場。

ゾイド	条件
インフィニティレオ	ストーリーモードクリア後に、アーケードモードで「ゾイドマスター」を獲得する。（アーケードモード以外で使用可能）ゾイドマスター：アーケードモードで勝利数・敗北数の合計が300に達する
ライガーゼロファルコンＲＤＳ	ストーリーモードクリア後に、アーケードモードで「パーフェクトリーダー」を獲得する。（ストーリーモード、対戦モードのVS MODEでのみ使用可能）パーフェクトリーダー：１つの戦闘で、一撃もダメージを食らうことがなく勝利する。
バスターフューラー	ストーリーモードクリア後に、アーケードモードで「エクスカリバー」を獲得する。（アーケードモード以外で使用可能）エクスカリバー：勝利数＋敗北数＝150のときに勝率７割以上か、勝利数300以上。
ガイリュウキ	ストーリーモードクリア後に、アーケードモードで「ドラゴンスレイヤー」を獲得する。（アーケードモード以外で使用可能）ドラゴンスレイヤー：バーサークフューラー系、ジェノザウラー系との勝利数が35を超える。
ゴジュラスギガ治安局仕様	ストーリーモードクリア後に、アーケードモードで「ディノクラッシャー」を獲得する。（アーケードモード以外で使用可能）ディノクラッシャー：ゴジュラス系、ゴジュラスギガとの勝利数が20を超える。
アロザウラー治安局仕様	ストーリーモードクリア後に、アーケードモードで「アニマルハンター」を獲得する。（アーケードモード以外で使用可能）アニマルハンター：コマンドウルフ、ケーニッヒウルフ、アイアンコング系との勝利数が40を超える。
シンカー治安局仕様	ストーリーモードクリア後に、アーケードモードで「ワンダー・ボーイ」を獲得する。（アーケードモード以外で使用可能）ワンダー・ボーイ：勝利数＞敗北数＋200
グラビティーウルフ	ストーリーモードクリア後に、アーケードモードで「ゴールドメダル」を獲得する。（アーケードモード以外で使用可能）ゴールドメダル：勝利数が250に達する。
ブラキオレックス	ストーリーモードクリア後に、アーケードモードで「エル・マタドール」を獲得する。（アーケードモード以外で使用可能）エル・マタドール：ディバイソン、レッドホーンとの勝利数が20を超える。