出現条件の厳しいゾイド
| ゾイドリスト | 出現条件 |
| ライガーエアロ | 共和国ミッションクリア（ルートA・Bの関係なし |
| ケーニッヒウルフ | 共和国ミッション＆ルート３クリア |
| プロトセイバー | 帝国ミッションクリア（ルートA・Bの関係なし |
| ＬＺ イクス | 帝国ミッション＆ルート３クリア |
| トリニティライガー ジェノハイドラ ブリッツタイガー グリフォン ロードゲイル マトリクスドラゴン キメラドラゴン セイバータイガーRT モルガROKUROU バスタートータス レイヴェンラプター |
ルート３（ゾイドバトルモードでゲーム限定のキャラを選んだ時） をクリア |